Auf dem Gemeindegebiet von Hefenhofen befinden sich die evangelischen Kirchgemeinden von Amriswil-Sommeri und Romanshorn-Salmsach.

Zur Kirchgemeinde Amriswil-Sommeri gehören folgende Weiler:

• Auenhofen
• Brüschwil
• Chatzerüti
• Chappehuse
• Hamisfeld
• Hefenhofen
• Moos
• Sonnenberg

Zur Kirchgemeinde Romanshorn-Salmsach gehören folgende Weiler:

• Chressibuech
• Hatswil
• Tohueb

Auf dem Gemeindegebiet von Hefenhofen befinden sich die katholischen Kirchgemeinden von Amriswil, Sommeri und von Romanshorn.

Zur katholischen Kirche von Amriswil gehören folgende Weiler:

• Moos (Teile davon bis zur Aach)

Zur katholischen Kirche von Sommeri gehören folgende Weiler:

• Auenhofen
• Brüschwil
• Chatzerüti
• Chappehuse
• Hamisfeld
• Hefenhofen
• Sonnenberg
• sowie Teile des Weiler Moos (Grenzen bilden die Bäche Aach und Schulbach)

Zur katholischen Kirche von Romanshorn gehören folgende Weiler:

• Chressibuech
• Hatswil
• Tobhueb