Der zweite Name neben Hefenhofen, der bereits vor der Jahrtausendwende auftaucht, ist Auenhofen, am 13. Juni 849 als Ouuendorf, erst 1304 als Ouvenhovin, Höfe in den Auen. Auenhofen gehört heute zu den grösseren Weilern von Hefenhofen. Historisch bestand Auenhofen aus den Gebäuden an der Strasse "Im Dörfli". Neben diesem historischen Kern besteht Auenhofen heute aus verschiedenen Einfamilienhausquartieren.
Brüschwil wird 1447 und 1450 als Brüniswil erwähnt. Leute mit Namen Brüniswiler werden in Sommeri aber schon 1420 genannt, was beweist, dass der Ort schon früher bestanden hat. Ursprünglicher Name war brûnineswîlare und bedeutete: ‘beim Gehöft des Brûnîn’. In Brüschwil ist heute das Gemeindehaus zu finden.
Hatswil erscheint am 12. August 1433 als Hätschwile, 1450 als Hatswile, später Hatschweil, Hatsweil und schliesslich Hatswil. Der Name bedeutet Weiler des Hat, althochdeutsch Hatto. 1877 wurde das Baugeschäft Stutz gegründet, welches bis heute seinen Standort in Hatswil hat. Der Weiler Hatswil wird geprägt durch zwei weitherum sichtbare Silotürme. Einerseits der Siloturm der mittlerweile stillgelegten Mühle Hatswil sowie der Siloturm mit dem aufgemalten roten Stier. In Hatswil wurde auch lange Zeit ein Schulhaus betrieben. Seit einigen Jahren ist dieses jedoch nicht mehr aktiv.
Der Weiler Hefenhofen ist der Namensgeber der heutigen Politischen Gemeinde Hefenhofen. Hefenhofen bedeutet «Höfe des Habo». Die Namensgebung mit Personennamen + hofen gehören in die erste Ausbaustufe der alemannischen Besiedlung in diesem Gebiet und weist entsprechend auf eine frühe Besiedlung hin. Hefenhofen hat sich bis heute seinen dörflichen Charakter bewahren können.
Moos erscheint erstmals 1232 als Mose, 1374 als Mos. In Moos scheint einmal eine Burg bestanden zu haben. Genauere archäologische Hinweise sind jedoch nicht bekannt. Beim markante Riegelhaus auf dem Bild handelt sich um ein Wohnhaus aus dem 18. Jahrhundert welches zeitweise auch eine Wirtschaft "Schöntal" enthielt. Der Weiler Moos ist heute durch neuere Gewerbegebiete geprägt.
Der Weiler Sonnenberg erscheint erst auf der Karte Sulzbergers vom Jahr 1838. Heute bildet der Sonnenberg mit der 2015 neu renovierten Schulanlage das gefühlte Zentrum der Gemeinde Hefenhofen. Dorfanlässe und Gemeindeversammlungen finden im Sonnenberg statt. Weit herum sichtbar ist das herrschaftliche Riegelhaus (erbaut 1811) auf der Kuppe, in dem ehemals die Wirtschaft "Roter Öpfel" betrieben wurde.
Tonhub wird am 1. März 1290 als Tumphuobe bezeichnet, 1447 als Tummenhuebe, was aber nicht mit dem heutigen Wort dumm zu deuten ist, sondern als ungünstig gelegene Huebe, wobei eine Hueb ein Bauerngut von ungefähr 30 Jucharten Acker und/oder Wiesland umfasst. Tohueb ist heute der kleinste der 11 Weiler mit landwirtschaftlicher Prägung.